Pandox organisation är specialiserad. I organisationen finns spets- kompetens inom hotellmarknad, hotellverksamhet, teknisk och ekonomisk förvaltning av hotellfastigheterna samt affärsutveckling. På Pandox kontor i Stockholm, där koncernen leds och styrs, arbetar 18 personer med utveckling, styrning och kontroll av bolaget.
Den operativa verksamheten leds av affärsområdeschefer. Arbetet fokuseras främst på intäktshöjande åtgärder och kostnadseffektiva underhållsprogram. Ytterligare ansvarsområden är att kontinuerligt utvärdera strategier per objekt samt att förhandla hyresavtal och åtgärdsprogram. Organisatoriskt innehåller varje affärsområde en affärsområdeschef och en analytiker. Därtill står fastighetschef, fastighetssupport, ekonomi och finansfunktioner till affärsområdes- chefens förfogande.